Le Conseil de l'ACPPU est l'organe directeur de l'ACPPU. Nos associations membres forment le Conseil et décident des politiques et des priorités organisationnelles. Les associations membres nomment une déléguée ou un délégué qui assiste aux assemblées du Conseil et qui vote au nom de leur association de personnel académique respective. Les décisions et les résolutions prises à l'assemblée du Conseil guident les travaux du Comité de direction.
Comités permanents du Conseil
Les comités permanents du Conseil formulent des recommandations sur des questions stratégiques pertinentes tant à l'intention du Conseil que du Comité de direction.
Assemblée du Conseil
La 99e assemblée du Conseil de l'ACPPU aura lieu du 28 au 30 novembre 2025.
Fonds de la liberté académique
Le Conseil de l'ACPPU a créé le Fonds de la liberté académique pour aider l'ACPPU et ses associations membres à défendre vigoureusement la liberté académique. Le fonds est un régime d'« assurance-catastrophe » ayant pour objet de garantir à l'ACPPU ou à l'une ou l'autre de ses associations membres les ressources nécessaires pour assurer la défense de la liberté académique lorsqu'une affaire requiert des ressources extraordinaires. Chaque association membre de l'ACPPU est membre du fonds qui dépend entièrement des dons qui sont sollicités auprès des associations membres et des particuliers qui s'intéressent à la défense de la liberté académique.