La liberté académique est source de vie pour l'université moderne. Il s'agit du droit d'enseigner, d'apprendre, d'étudier et de publier sans craindre l'orthodoxie ou la menace de représailles et la discrimination. Cette liberté comprend le droit de critiquer l'université et de prendre part à sa gouvernance. La permanence constitue la base de la liberté académique en empêchant qu'on ne congédie le personnel enseignant sans raison valable et sans suivre une procédure rigoureuse.
L'ACPPU favorise et défend activement la liberté académique et la permanence. Cette association enquête sur les prétendues infractions et observe la situation un peu partout au pays. Dans les cas d'infractions confirmées, l'ACPPU intervient pour qu'on apporte les changements qui s'imposent.